Adrien BARTOLI

Professeur des Universités en Science informatique
    Depuis septembre 2021 :
    • mis à disposition au CHU de Clermont-Ferrand
    Responsable du département IA au sein de la Direction de la Recherche Clinique et de l’Innovation
    • mis à disposition de l’entreprise SURGAR
    Responsable scientifique, responsable de la recherche et de la propriété industrielle

    • 2000-2003 – Thèse à Inria – Grenoble INP, moniteur à l’UGA.

    • 2003-2009 – Postdoc à Oxford puis CR CNRS et Visiting Professor à Copenhague

    • 2009-2020 – PU à l’UCA (IUT GEA Clermont-Ferrand), double lauréat ERC, membre de l’IUF

        
    Rapport d’activités détaillé en cliquant ici

    Mon sujet de recherche central est la vision par ordinateur et ses applications en chirurgie endoscopique.
    Mes enseignements ont quasiment tous été en informatique et mathématiques.

C’est une question difficile. Ma première réaction est que chacun se sent plus ou moins à l’aise pour différentes activités, selon ses capacités physiques et intellectuelles, selon sa forme d’esprit et selon ses goûts et son image de lui-même.

La recherche est l’une de ces activités, que l’on aime, ou pas, pour des raisons très personnelles.

Si je rationalise, je pourrais dire que j’ai choisi de faire de la recherche pour trois raisons principales :

• Premièrement, la recherche me permet d’avoir une forme de liberté intellectuelle. Cette liberté se matérialise par la dualité associant un vagabondage des pensées et une réflexion focalisée permanents.

• Deuxièmement, la recherche satisfait mon désir de connaissances et ma curiosité, par un apprentissage perpétuel du savoir établi ou suivant la frontière mouvante des connaissances.

• Troisièmement, la recherche me permet d’apporter une contribution sociétale, via ses résultats fondamentaux et ses applications

• Institut Pascal, axe TGI, équipe EnCoV https://encov.ip.uca.fr/

• CHU, DRCI, département DIA2M

Thématique de recherche : vision par ordinateur, intelligence artificielle

Objectifs : développer des modèles théoriques et leur mise en oeuvre computationnelle pour l’interprétation automatique des images numériques

Application : assistance au diagnostic médical et au geste chirurgical

DD : réduction durée hospitalisation par meilleure prise en charge réduit impact environnemental
 

Les projets ANR RHU Digital Urology 3D, CLARA PDC AIALO, H2020 Endomapper




Le guidage du geste chirurgical mini-invasif par réalité augmentée est un des projets phares de notre équipe. Cette technologie remet l’imagerie préopératoire au centre de la chirurgie :
1) Le patient passe un scanner préopératoire permettant un diagnostic. Un logiciel de préparation permet de reconstruire un modèle 3D virtuel, un « jumeau numérique » de l’organe concerné, ici le foie.
2) Le chirurgien opère grâce à une caméra insérée par une petite incision. Un logiciel de fusion permet de superposer le modèle 3D virtuel à l’image chirurgicale et de construire une vue augmentée du patient, révélant la position des structures anatomiques invisibles, ici deux tumeurs internes au foie en jaune et une partie de la vascularisation en bleu. Ceci permet de faire une chirurgie plus conservatrice et plus sûre.
Crédits photos : Dr Y. Espinel et Pr E. Buc, schéma : Pr A. Bartoli.

Je suis spécialisé en recherche fondamentale en vision par ordinateur et intelligence artificielle (IA) et leurs applications médicales pour l’aide au diagnostic et au geste interventionnel par l’image.
J’ai cofondé et dirige depuis 2012 l’équipe EnCoV (Endoscopy and Computer Vision) de l’IP, UMR6602 UCA/CNRS, associée au CHU de Clermont-Ferrand, où j’anime 10 permanents et 11 doctorants et post-doctorants, et porte 2 projets de recherche dont un H2020 FET Open. J’ai créé et dirige le Département IA du CHU de Clermont-Ferrand depuis 2022, au sein duquel j’encadre 3 chercheurs et pilote 7 projets internes de recherche translationnelle ou de transfert industriel.
J’ai cofondé l’entreprise SURGAR (35 personnes) dont je suis le Directeur scientifique depuis 2019, en charge du département Recherche et Propriété Industrielle comptant 6 ingénieurs et chercheurs et 5 projets de R&D.

- Brevets - savoir-faire - logiciels :
• Cinq brevets déposés avec SURGAR et ses partenaires (CNRS, UCA, Clermont Auvergne INP, CHU de Clermont-Ferrand).
• Deux brevets obtenus avec le CEA, non liés à SURGAR.
• Dix-sept dépôts de logiciels à l’Agence pour la Protection des Programmes (APP).
• Trente logiciels publics sous licence GPL ou BSD.
• Vingt-cinq jeux de données publics, la plupart sous licence Creative Commons.

- Licences de propriété intellectuelle :
• Deux contrats de licence d’exploitation exclusive conclus entre SURGAR et les établissements UCA, CNRS (via Clermont Auvergne Innovation) et CHU de Clermont-Ferrand sur les logiciels d’EnCoV.

- Partenariats industriels :
• Un partenariat principal avec l’entreprise SURGAR, formalisé par deux contrats-cadres entre SURGAR, l’UCA et le CNRS d’une part et SURGAR et le CHU de Clermont-Ferrand d’autre part.
• Un partenariat secondaire avec l’entreprise Yansys Medical.

- Création d’entreprises :
• Entreprise SURGAR SAS créée en octobre 2019. SURGAR a remporté le concours i-Lab 2019.

- Autres retombées :
• Technologiques et sociétales
Les produits développés par SURGAR ont des retombées en santé, sur l’amélioration de la qualité de vie et sur la réduction des dépenses de santé.

• Economiques
La création de SURGAR a des retombées économiques : SURGAR emploie 35 personnes, dont 30 en CDI, comprenant 11 développeurs informatiques, 6 data scientists et data managers, 6 chercheurs, 4 chargés des affaires qualité, réglementaires et cliniques, 1 responsable marketing, 1 responsable vente et 4 fonctions supports (RH, comptabilité, assistance de direction, finance).

- Mobilité public/privé :
Deux concours scientifiques avec prises de participation puis deux mises à disposition à SURGAR à 50% d’A. Bartoli et de N. Bourdel.

• Université d’Alcala, Espagne
• IRCAD, Strasbourg
• University College London
• Yansys Medical, Vichy

• Co-création entreprise SURGAR en 2019, avec les Prs N. Bourdel, B. Le Roy et M. Canis

1. Shape-from-Template. A. Bartoli, Y. Gérard, F. Chadebecq, T. Collins and D. Pizarro. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 37(10):2099-2118 (2015).
2. Particle-SfT: a Provably-Convergent, Fast Shape-from-Template Algorithm. E. Özgür and A. Bartoli. International Journal of Computer Vision 123(2):184-205 (2017).
3. Isometric Non-Rigid Shape-from-Motion with Riemannian Geometry Solved in Linear Time. S. Parashar, D. Pizarro and A. Bartoli. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 40(10):2442-2454 (2018).
4. Augmented Reality Guided Laparoscopic Surgery of the Uterus. T. Collins, D. Pizarro, S. Gasparini, N. Bourdel, P. Chauvet, M. Canis, L. Calvet and A. Bartoli. IEEE Transactions on Medical Imaging 40(1): 371-380 (2021).
5. A Case Series Study of Augmented Reality in Laparoscopic Liver Resection with a Deformable Preoperative Model. B. Le Roy, M. Abdallah, Y. Espinel, L. Calvet, B. Pereira, E. Özgür, D. Pezet, E. Buc and A. Bartoli. Surgical Endoscopy 34(12):5642-5648 (2020).

Individuelles
• Coordinateur du projet ERC Proof-of-Concept P-ViTAL, 2018-2019
• Membre junior de l’IUF, 2016-2021
• Coordinateur du projet ERC Consolidator Grant fLEXABLE, 2013-2018
• Médaille de bronze du CNRS, 2008
• Prix de thèse de Grenoble INP, 2004
• Prix outstanding reviewer, congrès ECCV 2008, CVPR 2010, CVPR 2015

Collectives, académiques, avec équipe de recherche EnCoV
• Prix du meilleur article étudiant, atelier AMAI du congrès MICCAI, 2022
• Prix Karl Storz de la meilleure présentation du congrès SCGP, 2022
• Deuxième prix recherche du CHU de Clermont-Ferrand, 2019
• Prix de l’innovation de l’Académie nationale de chirurgie, 2017
• Prix Richter du Collège national des gynécologues et obstétriciens Français, 2017
•Prix recherche du CHU de Clermont-Ferrand, 2017
•Prix recherche de l’Université Clermont Auvergne, 2016
•Deuxième prix du meilleur article, atelier CARE du congrès MICCAI, 2015
•Prix des meilleurs articles, congrès IPCAI, 2012 et congrès CORESA, 2007

Collectives, industrielles, avec SURGAR
•Trophées régionaux «elles se lancent» et «coup de coeur du public», 2022
•Participation au CES de Las Vegas, 2022
•Prix de la meilleure startup auvergnate innovante, 2021
•Incubation au Village by CA, 2020-2022
•Programme NETVA d’aide à l’accès au marché nord-américain, 2020
•Distinction du réseau CURIE, 2020
•EIT Health Headstart, 2020
•Startup auvergnate de l’année, 2020
•Trophée Research-to-Business ONCO, cancéropôle CLARA, 2020
•Concours i-Lab, Bpifrance, 2019